Les patients porteurs du syndrome PACS1 présentent tous la même mutation génétique localisée au même endroit sur un seul brin d'ADN du chromosome 11. Il s’agit d’une mutation par substitution où un nucléotide est remplacé par un autre, à savoir une cytosine par une thymine, sur un des allèles du gène PACS1. Cette mutation est dite faux-sens, elle entraîne la modification de l’acide aminé codé, à savoir le changement d'une arginine en tryptophane à la position 203 (noté Arg203Trp ou R203W). Cette modification de la séquence d’acides aminés altère la structure de la protéine PACS1 et ainsi sa fonction. Cette version modifiée de la protéine PACS1 nuit au transport des molécules et des protéines, entraînant leur accumulation ou leur mauvais placement dans les cellules, interférant avec la fonction de la protéine produite à partir de la copie normale du gène PACS1.
Cette mutation unique, localisée au même endroit et identique chez tous les patients, rend plus prometteuse la recherche d'un traitement qui pourrait fonctionner chez toutes les personnes porteuses.
